聚丙烯酰胺的使用效果不只取決于其價格的高低，質量的好壞，還和使用方法及合理選型有很大關系。聚丙烯酰胺溶解時不能用鐵制容器，干粉聚丙烯酰胺一般可長期保存，性能穩定，溶解于水。
溶解后的聚丙烯酰胺藥劑性能會隨著時間的增加而下降，且濃度越低，性能下降越快。例如0.1%的陽離子型聚丙烯酰胺極不穩定，1-2天后，性能就開始下降，所以聚丙烯酰胺溶液要現配現用。陽離子聚丙烯酰胺適用于酸性介質，陰離子聚丙烯酰胺適用于偏堿性的介質，而非離子型聚丙烯酰胺則適用于酸性或弱堿性介質；有條件的地方，在使用前將聚丙烯酰胺溶液稀釋到0.01%-0.05%，這樣有利于分子鏈的進一步伸展，從而提高使用效果，節省用量，節約成本。