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聚丙烯酰胺凝膠電泳特點

發布日期:2014-08-19 09:54:24
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點(polyacryamide gel electropHoresis, PAGE)是由丙烯酰胺單體和交聯劑甲叉雙丙烯酰胺在催化作用下形成的三維網狀結構物質。在不連續聚丙烯酰胺凝膠電泳中,凝膠的制作是分層進行的,因此凝膠不僅有分子篩效應,還具有濃縮效應。和瓊脂糖凝膠相比,聚丙烯酰胺凝膠難于制備和處理。它們的分離范圍較窄。但是它們也有突出的優點,由于是不連續的pH 梯度,故樣品被壓縮成一條狹窄的區帶,因而增強了分離效果,提高電泳分辨率。尤其對小DNA 片段的分析(5~500bp)。在這一范圍內,僅差1bp 的DNA 分子也能清晰地分開。其次,DNA 純度很高。從聚丙烯酰胺凝膠中得到的DNA 純度很高以致于下步操作不用任何處理。還有,它的負載容量高。該膠的標準加樣槽中可以加入高達10mL 的DNA 樣品,而不影響電泳分辨率。多應用于分離純化和鑒定大小為5~500bp 的DNA 片段。聚丙烯酰胺凝膠電泳有連續與不連續體系兩種,前者指在整個電泳體系中的緩沖液pH 值和凝膠孔徑大小相同,主要用于核酸分析。后者主要用于蛋白質樣品的分離,它除了電泳槽中的緩沖體系和pH 值與凝膠中不同外,凝膠本身也由緩沖體系、pH 值和凝膠孔徑不同的兩種凝膠堆積而成。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點用于分離蛋白質和寡核苷酸。 作用原理 聚丙烯酰胺凝膠為網狀結構,具有分子篩效應。它有兩種形式:非變性聚丙烯酰胺凝膠及SDS-聚丙烯酰胺凝膠(SDS-PAGE);非變性聚丙烯酰胺凝膠,在電泳的過程中,蛋白質能夠保持完整狀態,并依據蛋白質的分子量大小、蛋白質的形狀及其所附帶的電荷量而逐漸呈梯度分開。 根據浙大哲博檢測的分離經驗,可以發現下列問題最為容易出現:
1. pH對整個反應體系的影響是至關重要的.SDS-PAGE不連續電泳中,制膠緩沖液使用的是Tris-HCL緩沖系統,濃縮膠是pH6.7,分離膠pH8.9;而電泳緩沖液使用的Tris-甘氨酸緩沖系統。在濃縮膠中,其pH環境呈弱酸性,因此甘氨酸解離很少,其在電場的作用下,泳動效率低;而CL離子卻很高,兩者之間形成導電性較低的區帶,蛋白分子就介于二者之間泳動。由于導電性與電場強度成反比,這一區帶便形成了較高的電壓梯度,壓著蛋白質分子聚集到一起,濃縮為一狹窄的區帶。當樣品進入分離膠后,由于膠中pH的增加,呈堿性,甘氨酸大量解離,泳動速率增加,直接緊隨氯離子之后,同時由于分離膠孔徑的縮小,在電場的作用下,蛋白分子根據其固有的帶電性和分子大小進行分離。 2. 根據樣品分離目的不同,主要有三種處理方法:還原SDS處理、非還原SDS處理、帶有烷基化作用的還原SDS處理。 3.聚丙烯酰胺的作用:丙烯酰胺與為蛋白質電泳提供載體,其凝固的好壞直接關系到電泳成功與否,與促凝劑及環境密切相關。4. 出現拖尾現主要是樣品融解效果不佳或分離膠濃度過大引起的。 5.通常膠在30MIN-1H內凝。如果凝的太慢,可能是TEMED,APS劑量不夠或者失效。APS應該現配現用,TEMED不穩定,易被氧化成黃色。如果凝的太快,可能是APS和TEMED用量過多,此時膠太硬易裂,電泳時易燒膠。
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點DNA電泳一般使用的都是瓊脂糖凝膠電泳,電泳的驅動力靠DNA骨架本身的負電荷。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點用于蛋白質與寡糖核苷酸的分離。電泳的驅動力靠與蛋白質結合的SDS上所攜帶的負電荷。蛋白質電泳(一般指SDS-PAGE)根據蛋白分子量亞基的不同而分離蛋白。蛋白質亞基的電泳遷移率主要取決于亞基分子量的大小,電荷因素可以忽視。 
 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點所以相同點就是樣品都是帶負電荷的,從負極向正極移動,移動的距離都和樣品的分子量有關。而且這兩個電泳體系可以互相交換使用。進行大分子蛋白質電泳時,可以考慮換用瓊脂糖凝膠,因為該體系孔徑大。相反,如果需要精確到各位數堿基的DNA電泳也可以使用聚丙烯酰胺凝膠系統,因為使用該系統可以將相差一個堿基的兩條DNA鏈分開。 
不同點首先是樣品不同。這個就不用多說了。其次是結果的觀察方法不同。DNA電泳普遍使用EB做染料,在紫外燈下觀察;而蛋白電泳使用的考馬斯亮藍染色,還需要經過脫色步驟,不過觀察起來比較簡單。還有就是膠體系的差別,DNA電泳通常是一膠跑到底,而蛋白質電泳則會有分離膠和濃縮膠之區別。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點中樣品移動的本質確實是樣品所攜帶的電荷。但是,區分這些條帶直接可以用分子量而無需使用電荷數,是因為這些樣品的電荷/分子量比都是恒定的了。以DNA分子為例,它在電泳中的移動是靠其骨架中磷酸所攜帶的負電荷來實現的,而這個磷酸分子又是每一個核苷酸中都有的,所以DNA分子所攜帶的負電荷數是由其核苷酸總數決定的。而且,DNA分子中核苷酸的組成動輒成百上千,在如此大的分子量面前,討論單個核苷酸之間分子量的差別就顯得毫無意義。這樣,DNA分子中負電荷的量就可以用DNA的分子量來代替,反過來,DNA的分子量也就可以用DNA分子所攜帶的電荷來代替(一句話,DNA分子的電荷/分子量比是恒定的)。 
這聚丙烯酰胺凝膠電泳特點中(特別是SDS-PAGE中)是一樣的。在SDS-PAGE中,SDS將蛋白質變性成直線分子并緊密包裹于其上,使得其所攜帶的電荷與蛋白分子量成了一定的比例,剩下的就和核酸電泳一樣了。 
瓊脂糖凝膠電泳是用瓊脂糖作支持介質的一種電泳方法。其分析原理與其他支持物電泳的最主要區別是:它兼有“分子篩”和“電泳”的雙重作用。 
  瓊脂糖凝膠具有網絡結構,物質分子通過時會受到阻力,大分子物質在涌動時受到的阻力大,因此在凝膠電泳中,帶電顆粒的分離不僅取決于凈電荷的性質和數量,而且還取決于分子大小,這就大大提高了分辨能力。但由于其孔徑相當大,對大多數蛋白質來說其分子篩效應微不足道,現廣泛應用于核酸的研究中。 
  蛋白質和核酸會根據pH不同帶有不同電荷,在電場中受力大小不同,因此跑的速度不同,根據這個原理可將其分開。電泳緩沖液的pH在6~9之間,離子強度0.02~0.05為最適。常用1%的瓊脂糖作為電泳支持物。瓊脂糖凝膠約可區分相差100bp的DNA片段,其分辨率雖比聚丙烯酰胺凝膠低,但它制備容易,分離范圍廣。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的范圍為0.2-20kb,利用脈沖電泳,可分離高達10^7bp的DNA片段。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點操作流程
  準備干凈的配膠板和電泳槽 
  注意DNA酶污染的儀器可能會降解DNA,造成條帶信號弱、模糊甚至缺失的現象。 
選擇電泳方法
  一般的核酸檢測只需要瓊脂糖凝膠電泳就可以;如果需要分辨率高的電泳,特別是只有幾個bp的差別應該選擇聚丙烯酰胺凝膠電泳;用普通電泳不合適的巨大DNA鏈應該使用脈沖凝膠電泳。注意巨大的DNA鏈用普通電泳可能跑不出膠孔導致缺帶。 
正確選擇凝膠濃度
  對于瓊脂糖凝膠電泳,濃度通常在0.5~2%之間,低濃度的用來進行大片段核酸的電泳,高濃度的用來進行小片段分析。低濃度膠易碎,小心操作和使用質量好的瓊脂糖是解決辦法。注意高濃度的膠可能使分子大小相近的DNA帶不易分辨,造成條帶缺失現象。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點適合的電泳緩沖液
  常用的緩沖液有TAE和TBE,而TBE比TAE有著更好的緩沖能力。電泳時使用新制的緩沖液可以明顯提高電泳效果。注意電泳緩沖液多次使用后,離子強度降低,pH值上升,緩沖性能下降,可能使DNA電泳產生條帶模糊和不規則的DNA帶遷移的現象。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點電泳的合適電壓和溫度
  電泳時電壓不應該超過20V/cm,電泳溫度應該低于30℃,對于巨大的DNA電泳,溫度應該低于15℃。注意如果電泳時電壓和溫度過高,可能導致出現條帶模糊和不規則的DNA帶遷移的現象。特別是電壓太大可能導致小片段跑出膠而出現缺帶現象 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點DNA樣品的純度和狀態
  是電壓太大可能導致小片段跑出膠而出現缺帶現象DNA樣品的純度和狀態注意樣品中含鹽量太高和含雜質蛋白均可以產生條帶模糊和條帶缺失的現象。乙醇沉淀可以去除多余的鹽,用酚可以去除蛋白。注意變性的DNA樣品可能導致條帶模糊和缺失,也可能出現不規則的DNA條帶遷移。在上樣前不要對DNA樣品加熱,用20mM NaCl緩沖液稀釋可以防止DNA變性。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點DNA的上樣
  正確的DNA上樣量是條帶清晰的保證。注意太多的DNA上樣量可能導致DNA帶型模糊,而太小的DNA上樣量則導致帶信號弱甚至缺失。TIANGEN公司DNA分子量標準每次上樣6ul即可得到清晰均勻的條帶。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點Marker的選擇
  DNA電泳一定要使用DNA Marker或已知大小的正對照DNA來估計DNA片段大小。Marker應該選擇在目標片段大小附近ladder較密的,這樣對目標片段大小的估計才比較準確。TIANGEN公司的DNA Marker條帶清晰,亮度均勻,質量穩定,是您實驗的首選。需要注意的是Marker的電泳同樣也要符合DNA電泳的操作標準。如果選擇λDNA/HindIII或者λDNA/EcoRI的酶切Marker,需要預先65℃加熱5min,冰上冷卻后使用。從而避免HindIII或EcoRI酶切造成的粘性接頭導致的片段連接不規則或條帶信號弱等現象。 
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點凝膠的染色和觀察
  實驗室常用的核酸染色劑是溴化乙啶(EB),染色效果好,操作方便,但是穩定性差,具有毒性。而其他系列例如SYBR Green,GelRed,雖然毒性小,但價格昂貴。TIANGEN公司的GeneGreen相比則是性價比高的低毒替代染料,其靈敏度比傳統EB染料高10倍以上。注意觀察凝膠時應根據染料不同使用合適的光源和激發波長,如果激發波長不對,條帶則不易觀察,出現條帶模糊的現象。
1967年,Shapiro等發現陰離子去污劑十二烷基硫酸鈉(SDS)具有這種作用:當向蛋白質溶液中加入足夠量SDS和巰基乙醇,SDS可使蛋白質分子中的二硫鍵還原(在一定條件下,大多數蛋白質與SDS的結合比為1.4gSDS/1g蛋白質)。由于十二烷基硫酸根帶負電,使各種蛋白質-SDS復合物都帶上相同密度的負電荷,它的量大大超過了蛋白質分子原來的電荷量,因而掩蓋了不同種蛋白質間原有的電荷差別,SDS與蛋白質結合后,還可引起構象改變,蛋白質-SDS復合物形成近似“雪茄煙”形的長橢圓棒,不同蛋白質的SDS復合物的短軸長度都不一樣,約為1.8nm,因此在電泳時,在凝膠中的遷移率,不再受蛋白質原有的電荷和形狀的影響,而取決于分子量的大小,因而SDS聚丙烯酰胺凝膠電泳可以用于測定蛋白質的分子量
  其主要的聚丙烯酰胺凝膠電泳特點有:①可以隨意控制膠濃度"T"和交聯度"C",從而得到不同的有效孔徑,用于分離不同分子量的生物大分子。②能把分子篩作用和電荷效應結合在同一方法中,達到更高的靈敏度:10-9 ~10-12 mol/L。③由于聚丙烯酰胺凝膠是由-C-C-鍵結合的酰胺多聚物,側鏈只有不活潑的酰胺基-CO-NH2 ,沒有帶電的其他離子基團,化學惰性好,電泳時不會產生"電滲"。④由于可以制得高純度的單體原料,因而電泳分離的重復性好。⑤透明度好,便于照相和復印。機械強度好,有彈性,不易碎,便于操作和保存。⑥無紫外吸收,不染色就可以用于紫外波長的凝膠掃描作定量分析。⑦還可以用作固定化酶的惰性載體。
分離不同荷電量、不同分子量的物質,而使其固定在凝膠中而不是丟失在溶液中。
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點可以調節凝膠濃度而調節網孔大小,以適應你的目標物質的分子量。
①聚丙烯酰胺凝膠是由丙烯酰胺和N,N’甲叉雙丙烯酰胺聚合而成的大分子。凝膠有格子是帶有酰胺側鏈的碳-碳聚合物,沒有或很少帶有離子的側基,因而電滲作用比較小,不易和樣品相互作用。 
②由于聚丙烯酰胺凝膠是一種人工合成的物質,在聚合前可調節單體的濃度比,形成 不同程度交鏈結構,其空隙度可在一個較廣的范圍內變化,可以根據要分離物質分子 的大小,選擇合適的凝膠成分,使之既有適宜的空隙度,又有比較好的機械性質。
③在一定濃度范圍聚丙烯酰胺對熱穩定。凝膠無色透明,易觀察,可用檢測儀直接測定。 
④丙烯酰胺是比較純的化合物,可以精制,減少污染。
帶電顆粒在電場作用下,向著與其電性相反的電極移動,稱為電泳。
 聚丙烯酰胺凝膠電泳 作用:用于分離蛋白質和寡核苷酸。 
  
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點作用原理 聚丙烯酰胺凝膠為網狀結構,具有分子篩效應。它有兩種形式:非變性聚丙烯酰胺凝膠及SDS-聚丙烯酰胺凝膠(SDS-PAGE);非變性聚丙烯酰胺凝膠,在電泳的過程中,蛋白質能夠保持完整狀態,并依據蛋白質的分子量大小、蛋白質的形狀及其所附帶的電荷量而逐漸呈梯度分開。 
而SDS-PAGE僅根據蛋白質亞基分子量的不同就可以分開蛋白質。該技術最初由shapiro于1967年建立,他們發現在樣品介質和丙烯酰胺凝膠中加入離子去污劑和強還原劑后,蛋白質亞基的電泳遷移率主要取決于亞基分子量的大小(可以忽略電荷因素)。 
 
SDS是陰離子去污劑,作為變性劑和助溶試劑,它能斷裂分子內和分子間的氫鍵,使分子去折疊,破壞蛋白分子的二、三級結構。而強還原劑如巰基乙醇,二硫蘇糖醇能使半胱氨酸殘基間的二硫鍵斷裂。在樣品和凝膠中加入還原劑和SDS后,分子被解聚成多肽鏈,解聚后的氨基酸側鏈和SDS結合成蛋白- SDS膠束,所帶的負電荷大大超過了蛋白原有的電荷量,這樣就消除了不同分子間的電荷差異和結構差異。 
 
SDS-PAGE一般采用的是不連續緩沖系統,與連續緩沖系統相比,能夠有較高的分辨率。 
 
  濃縮膠的作用是有堆積作用,凝膠濃度較小,孔徑較大,把較稀的樣品加在濃縮膠上,經過大孔徑凝膠的遷移作用而被濃縮至一個狹窄的區帶。當樣品液和濃縮膠選TRIS/HCL緩沖液,電極液選TRIS/甘氨酸。電泳開始后,HCL解離成氯離子,甘氨酸解離出少量的甘氨酸根離子。蛋白質帶負電荷,因此一起向正極移動,其中氯離子最快,甘氨酸根離子最慢,蛋白居中。電泳開始時氯離子泳動率最大,超過蛋白,因此在后面形成低電導區,而電場強度與低電導區成反比,因而產生較高的電場強度,使蛋白和甘氨酸根離子迅速移動,形成以穩定的界面,使蛋白聚集在移動界面附近,濃縮成一中間層。
聚丙烯酰胺凝膠電泳特點是利用物質帶電性質而在電場下泳動的特性從而對物質進行分離的技術。
影響因素主要是物質的帶電荷的多少,物質的分子量大小,物質的空間形態等。
SDS-PAGE主要用于變性蛋白質的分離和鑒定,主要特點是蛋白經SDS處理后均勻帶電荷并形成線性的結構,從而在聚丙烯酰胺膠中的泳動只與蛋白的分子量大小有關。
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